EC CUBEのバージョンにより変更方法が異なりますので、
お使いのバージョンに合わせてカスタマイズして下さい。

EC CUBE 2.4.3以降の場合

変更するファイル（EC CUBE 2.4.3以降）

/user_data/packages/default/img/header/logo.png
上記ファイルのイメージを変更すれば、すぐに新しいロゴが反映されます。

EC CUBE 2.4.2以前の場合

変更するファイル（EC CUBE 2.4.2以前）

/user_data/packages/default/img/header/logo.png
上記ファイルをショップのロゴへ変更します。

変更するファイル（EC CUBE 2.4.2以前）

ロゴのパスを変更
data/class/SC_Fpdf.php

元データ

        //ロゴ画像
        $logo_file = PDF_TEMPLATE_DIR . 'logo.png';
        $this->pdf->Image($logo_file, 124, 46, 40);

修正データ

        //ロゴ画像
        $logo_file = PDF_IMG_DIR . 'logo.png';
        $this->pdf->Image($logo_file, 124, 46, 40);

EC CUBE コミュ版2.3.3の場合

変更するファイル（EC CUBE コミュ版2.3.3）

/data/pdf/logo.png
上記ファイルをショップのロゴへ変更します。

参考サイト
月間三日坊主様 「EC-CUBE の帳票 右上ロゴが消えない ってゆーか差替えたい」

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